Au sein de la gouvernance, une série d'échelles sont traversées pour appliquer les mesures prises par les pouvoirs décisionnels afin de protéger les troupeaux, tout en assurant la conservation du loup. Plusieurs acteurs se rencontrent et se relaient des compétences dans cette pyramide administrative. 

Suite à la Directive Habitat Faune Flore retranscrite dans le droit français par l'arrêté ministériel du 22 juillet 1993, l'État français doit mettre en place ces politiques. Pour se faire, il délègue aux ministères concernés le soin d'exécuter ces politiques. 

Le Ministère de l'Environnement, de l'Énergie et de la Mer

     L'application des politiques publiques s'effectue à travers la Direction générale de l'aménagement du logement et de la nature (DGALN) sous l'autorité de ce Ministère. Leur mission est la conception, l'évaluation et la mise en oeuvre des politiques de gestion du loup pour garantir la préservation de l'espèce dans le cadre du Plan National Loup (actuellement s'étalant sur la période 2013-2017). Ces enjeux environnementaux nécessitent une réflexion en amont tout en prenant en compte les problèmes locaux pour appliquer les meilleurs outils de gestion. Ces politiques s'appuient sur les opérateurs, les techniciens et les ingénieurs de l'Office National de la Chasse et de la Faune Sauvage qui informent le ministre du nombre de loup sur le territoire. En suivant les conseils de ces experts, le ministre peut décider des quotas de tirs de loups à mettre en place. 

Le Ministère de l'Environnement assure également l'indemnisation des éleveurs lors de décès de moutons causés par les attaques de loups après diagnostic des agents de l'ONCFS. 

     Le Ministère de l'Agriculture, de l'Agroalimentaire et de la Forêt

     Ce ministère est étroitement lié avec le Ministère de l'Environnement pour l'application du Plan National Loup car il  concerne tant la protection du prédateur que des éleveurs et de leurs troupeaux. En effet, le rôle de ce ministère est avant tout de soutenir l'agriculture et l'élevage français pour une production durable et de qualité. Les outils sont avant tout des plans de développement et d'indemnisations. Le Ministère assure également le contrôle des réglementations pour la sécurité sanitaires des productions quels soient végétales ou animales.

Avec l'arrivée du loup, le Ministère doit avoir pour mission la protection de la filière de l'élevage ovin pour permettre la durabilité et la qualité des productions. 

Cette institution s'occupe également du financement des mesures de protection tels que la mise en place de chien de protection ou de clôtures.  

           Le Groupe National Loup 

     Créé en 1998, le Groupe National Loup a pour but de regrouper les acteurs nationaux et locaux concernés par les problèmes engendrés par la présence du loup en France dans des réunions ministérielles. Celui-ci est présidé par le Ministère de l'Environnement en collaboration avec le Ministère de l'Agriculture. Il se compose des représentants et des portes-paroles des Syndicats et des Fédérations paysannes, des associations, des élus, des représentants administratifs et des experts techniques et scientifiques notamment de l'ONCFS. C'est une organisation informelle qui a pour but la discussion et la médiation entre les différents acteurs afin qu'ils puissent chacun exprimer leurs opinions et proposer des solutions. Durant ces réunions, le suivi du Plan National loup est évoqué pour débattre de son efficacité ainsi que l'évolution de la population de loup. 

Il faut cependant préciser que cette instance ne prend pas de décisions. De plus, les associations ont vivement critiquées la composition du groupe dans lequel les éleveurs et les défenseurs du pastoralisme seraient sur-représentés. 

Depuis 2014, les associations environnementales, dont FERUS, ne participent plus à se groupe car elle est en fort désaccord avec les décisions "sans vote" qui s'y prennent alors que le GNL est consultatif, notamment en ce qui concerne les tirs de loups. 

Il faut enfin ajouter que les acteurs se rencontrent également dans d'autres réunions locales ou ministérielles - en dehors du GNL - à fréquence plus ou moins mensuelle, afin de discuter des mesures de protection des troupeaux.